تتمثل بكونها السلطة الرقابية الأعلى في الاتحاد، تتكون الهيئة من 6 أعضاء وتستمر عضويتهم دورة انتخابية واحدة، ويحق لأي عضو في الهيئة العامّة تقديم ترشحه لعضوية الهيئة الرقابية والتي يتوزع أعضاؤها على قسمين:
القسم الأول: في الدورات الخمسة الأولى يتم تجزيئها لفئتين:
الفئة الأولى: مقعدين من الهيئة التأسيسية.
الفئة الثانية: أربعة مقاعد ممّن فازوا بانتخابات الهيئة الرقابية وفق قانون الأغلبية النسبيّة، ويتم تسمية رئيس الهيئة الرقابية من أحد مقاعد الفئة الأولى في الدورات الأولى والثانية والثالثة توافقياً.
القسم الثاني: ما بعد الدورات الخمسة الأولى بالشكل الآتي: ستة أعضاء ممّن فازوا بانتخابات الهيئة الرّقابيّة ويتم انتخابهم بحقيبة واحدة وفق قانون الأغلبيّة النسبيّة، ويتم تسمية الحاصل على الترتيب الأوّل بالتصويت برئيس الهيئة الرقابية.
مهام الهيئة الرقابية:
مراقبه سير أعمال الاتحاد وتقديم تقرير كل ستة أشهر للهيئة العامة عن سير العمل وانسجامه مع النظام الداخلي ولوائح الاتحاد.
الحفاظ على المواد الصلبة وضمان عدم مخالفتها عند إجراء تعديلات في النظام الداخلي.
حضور أحد أعضائها أو اثنين كحد أعلى اجتماعات مجلس الإدارة ومكاتب الاتحاد المختلفة الدّوريّة والاستثنائية كمراقب.
مراجعة والتحقق من لوائح المنتسبين لكل اتحاد عضو والمصادقة عليها أو الطعن بها وتشكيل لجنة تدقيق.
اعتماد الأعداد التي يتم رفعها من قبل مجلس الإدارة للعضويات التي تتقدم للانتساب.
الدعوة إلى تصويت الهيئة العامّة على إقامة انتخابات مبكرة وسحب الثقة من مجلس الإدارة أو من رئيس المجلس، ويكون ذلك ضمن الشروط المذكورة في ملف العقوبات.
عند حدوث خلافات وإشكالات كبيرة تقوم الهيئة الرقابية بتعطيل العمل في المساحة المختلف عليها، ويرجع لها تحديد النطاق الذي يجب تجميده، وتقوم برفع المشكلة للهيئة الاستشارية للبت فيها، ويكون ذلك بتحقيق ثلاثة أصوات في الهيئة الرقابية على الأقل.